Τη σεζόν 2004-05 ο Ατρόμητος εμφανίστηκε αδύναμος στη Β' Εθνική τερματίζοντας προτελευταίος. Προ του φάσματος του υποβιβασμού και χωρίς να επηρεαστούν τα διακριτικά, το όνομα ή η έδρα του, συγχωνεύτηκε με τη Χαλκηδόνα, η οποία είχε μια αξιόλογη πορεία στην Α' εθνική και αποτελούσε φόβητρο για τις μεγάλες ομάδες όμως δε διέθετε ικανό σε αριθμό φίλαθλο κοινό. Tο τελευταίο αποτελείτο κατά βάση από εργαζόμενους του ομίλου πετρελαιοειδών "ΕΤΕΚΑ" του Γιώργου Σπανού, προέδρου της ομάδας. Κατ' αυτόν τον τρόπο, συνδυάστηκε η ποιότητα του έμψυχου υλικού της Χαλκηδόνας με τη δυναμική των φιλάθλων του Περιστερίου. [19] Η ημερομηνία που οριστικοποιήθηκε επίσημα η συγχώνευση με ανακοίνωση, είναι η 31η Μαΐου του 2005.
Ο "νέος" Ατρόμητος στην Α' Εθνική (2005-06)
Την περίοδο 2005-06, η "νεοσύστατη" -πλέον- ομάδα, πραγματοποίησε μια αξιοπρεπέστατη παρουσία, αντάξια αυτής που είχε συνηθίσει τους αντιπάλους της, η Χαλκηδόνα, κατέκτησε την έβδομη θέση στο πρωτάθλημα και εκμεταλλευόμενη την αδυναμία του ΠΑΟΚ να συμμετέχει στα κύπελλα Ευρώπης, εξασφάλισε για την επόμενη χρονιά την παρθενική της εμφάνιση σε επίσημους ευρωπαϊκούς αγώνες (Κύπελλο ΟΥΕΦΑ).
Την ίδια περίοδο, στο Κύπελλο, απογοήτευσε, αποκλειόμενος από τον Θρασύβουλο από τον πρώτο γύρο που πήρε μέρος.
""´´´´´´´´´´´´´´´´
Στις φυλακές Κορυδαλλού οδηγούνται σήμερα ο πρόεδρος της ΕΤΕΚΑ και της ομάδας του Ατρόμητου Γ. Σπανός, καθώς και άλλοι τέσσερις κατηγορούμενοι για την υπόθεση της λαθρεμπορίας καυσίμων που κρίθηκαν προφυλακιστέοι μετά τις απολογίες τους το Σαββατοκύριακο.
Εχουμε εννια ματς να νικησουμε το περιστερι? αντε ρε γσμηστε τους γαμω τις βενζινες και τα σαπια πλυντηριια τους